Caracterizan las recurrencias por SARS-CoV-2 en Madrid con ayuda de análisis genómico viral

Investigadores del CIBERES participantes del estudio
CIBER | jueves, 16 de diciembre de 2021

Un estudio coordinado por investigadores del CIBERES en el Hospital Gregorio Marañón, caracteriza las recurrencias por SARS-CoV-2 en Madrid, apoyado en análisis genómico viral, con el fin de poder ofrecer una identificación precisa de la tasa de reinfecciones y reactivaciones.

La mayor parte de estudios publicados que comunican casos de reinfecciones por SARS-CoV-2 se restringen a la descripción de casos individuales. Sin embargo, la estimación de la verdadera magnitud de la reinfección en COVID-19 se dificulta por la escasez de estudios más amplios, con base poblacional, y por la ausencia de análisis genómico en los mismos.

Pérdidas en el análisis de recurrencias en COVID-19

Entre los 41.195 casos diagnosticados en el período de estudio (marzo de 2020-marzo de 2021) 93 (0,23%) tuvieron dos muestras secuenciales con RT-PCR positiva (> 45 días de diferencia;  55-346 días), separadas por ≥ 1 RT-PCR negativa entre ambas.

El estudio -cuya primera firmante es Cristina Rodríguez Grande, investigadora del Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón- permitió calcular las pérdidas en el análisis de recurrencias en COVID-19 derivadas de i) no disponer con ambas muestras almacenadas, ii) no contar con muestras positivas con cargas virales adecuadas para proceder con la secuenciacion u iii) obtener secuencias de calidad subóptima en alguna de las muestras.

"Para compensar estas pérdidas, se abordó una estrategia de análisis alternativa a la comparación de las secuencias obtenidas en cada episodio. Esta alternativa descansa en abordar un análisis filogenético global, con el fin de determinar reinfecciones mediante la datación del momento en el que surgen en la población las variantes de SARS-CoV-2 implicadas en el segundo episodio de la recurrencia", asegura Darío García de Viedma, coordinador del estudio e investigador del CIBERES en el Hospital Gregorio Marañón.

"Nuestra doble estrategia analítica nos permitió incrementar el número de recurrencias que pudieron finalmente ser resueltas. Cuatro casos (0,01% del total de casos diagnosticados; edades 39-93, dos casos trasplantados) correspondieron a reactivaciones (secuencias que difieren en 0-1 SNP), con un tiempo entre episodios que osciló entre 55 y 114 días. Veintidós casos correspondieron a reinfecciones", comenta Patricia Muñoz, investigadora principal del CIBERES que ha participado en el estudio.

Consolidación de la asignación de reinfecciones

Para consolidar la asignación de reinfecciones,  se realizó un análisis genético (STRs) del material genómico humano presente en las muestras, con el fin de identificar reinfecciones asignadas erróneamente, que correspondieran a muestras de diferentes pacientes, como resultado de problemas de asignación en el almacenamiento de las muestras. Las reinfecciones validadas tras confimar que ambas muestras procedían del mismo individuo fueron dieciocho (0,04% del total de casos diagnosticados). Su edad osciló entre 19-84 años, la mayoría de ellos (13/18) carecían de antecedentes clínicos relevantes. El segundo episodio fue más grave en seis casos, más leve en uno y equivalente en los restantes. Solo dos de los 9 casos con serología disponible presentaron seroconversión después del primer episodio.

"La solidez del diseño sistemático con base poblacional de nuestro estudio se combinó con una aproximación analítica refinada, que integra una doble estrategia de análisis genómico viral con el análisis genético del hospedador. Este diseño nos permitió obtener datos consolidados, eliminando los errores de laboratorio y ofreciendo datos precisos sobre la verdadera carga y características clínicas de las reinfecciones y recurrencias del SARS-CoV-2 en nuestra población" explica Laura Pérez-Lago, investigadora en el H. Gregorio Marañón y co-responsable en el estudio. 

El estudio publicado en la revista Emerging Infectious Diseases se realizó previamente a la aparición de la mayoría de las variantes de preocupación SARS-CoV- 2 (VOCs). "Por tanto -concluyen los investigadores- este estudio constituye una referencia valiosa para estudios comparativos que aborden la carga de reinfecciones y recurrencias que involucran a una misma cepa, en el contexto de las nuevas variantes del SARS-CoV-2 con potencial escape inmunológico".

Referencia del estudio

Systematic Genomic and Clinical Analysis of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Reinfections and Recurrences Involving the Same Strain